1.初發酵實驗
生化培養箱發酵管內裝有單倍或三倍乳糖蛋白胨培養液，并在內倒置有小玻璃管。每個樣品用三個不同的水樣量接種，同一接種水樣量要有五管，將水樣分別接種到裝有乳糖蛋白胨培養液的 生化培養箱發酵管中，在37℃±0.5℃下培養24h±2h。乳糖能起選擇作用，因為很多細菌不能發酵乳糖，而大腸菌群能發酵乳糖并產酸產氣。培養液中加入溴甲酚紫作為酸度指示劑，細菌產酸后，培養液即由原來的紫色變成黃色。產酸產氣的發酵管表明試驗陽性，如在倒管內產氣不明顯，可輕拍發酵管，有小氣泡升起為陽性。

2.復發酵實驗 
輕微振蕩初發酵試驗陽性結果的 生化培養箱發酵管，用3mm接種環將培養物(2-3環)轉接到EC培養液中，在44.5℃±0.5℃下培養24h±2h(提高培養溫度可造成不利于來自自然環境的大腸菌群的生長)。培養后立即觀察，發酵管產氣則證實為糞大腸菌群陽性。

二、濾膜法
生化培養箱濾膜是一種微孔性濾膜，孔徑0.45μm。將水樣注入已滅菌的放有濾膜的過濾器中，經過抽濾，細菌即被截留在膜上，然后將濾膜貼于M-FC培養基上，在44.5℃±0.5℃下培養24 h±2h。糞大腸菌群菌落在M-FC培養基上呈藍色或藍綠色，其他非糞大腸菌群菌落成灰色、淡黃色或無色。正常情況下，由于溫度和玫瑰酸鹽試劑的選擇性作用，在M-FC培養基上很少見到非糞大腸菌菌落。