水質自動采樣器一般由控制單元、采水單元、水樣分配單元、采樣瓶、恒溫單元等組成。
　　
1、控制單元
　　
　 是水質采樣器控制完成采樣的單元，應具有設置、顯示、控制信號輸出、信號采集和數據存儲等功能。
　　
2、采水單元
　　
　　將水樣采集至水質自動采樣器的單元，一般由泵、管路和采樣頭組成。采樣頭宜設有10-20目的過濾網，防止漂浮物堵塞采樣管路。
　　
3、水樣分配單元
　　
　　將水樣導入采樣瓶的單元，要求水樣分配單元導入，不發生外溢:水樣分配單元應具有掉電自鎖功能，采樣瓶排布應緊湊
　　
4、采樣瓶
　　
　　水質采樣器采樣瓶用于存放水樣，由惰性材料制成，易清洗，容量應在500ml以上
　　
5、恒溫單元
　　
　　全自動水質采樣器具有獨立控溫、低溫冷藏水樣的單元。
　　
　　在正常運行狀態下，全自動水質采樣器可平穩工作。水質自動采樣器的部件不易產生機械、電路故障，便于維護、檢查作業，無安全危險。在出現浸濕、結露等情況時，水質自動采樣器應能保持正常運行。