1、物理作用
　　
　 光照、溫度、靜置或震動，敞露或密封等保存條件及容器材質都會影響水樣的性質。如溫度升高或強震動會使得一些物質如氧、氰化物及汞等揮發，靜置會使Al（OH）3，CaCO3、Mg3（PO4）2等沉淀。某些容器的內壁能不可逆地吸附或吸收一些有機物或金屬化合物等。
　　
2、化學作用
　　
　 水樣及水樣各組分可能發生化學反應，從而改變某些組分的含量與性質。例如空氣中的氧能使二價鐵、硫化物等氧化，聚合物解聚，單體化合物聚合等。
　　
3、生物作用：
　　
　 細菌、藻類、及其他生物體的新陳代謝會消耗水樣中的某些組分，產生一些新組分，改變一些組分的性質，生物作用會對樣品中待測的一些項目如溶解氧、二氧化碳、含氮化合物、磷及硅等的含量及濃度產生影響。